戊戌维新期间，自主创办期刊成为那些被边缘化的知识分子参与国家政治与社会实践的重要途径，科学话语是他们舆论宣传的重要内容。与传教士报人不同，维新报人缺乏系统的科学教育与科研训练，对近代科学的认知也参差不齐，整体科学素养较差。但这种先天性不足，并未妨碍少数精英对科学分类问题的主观努力，并提出了自己的思想主张。

早年留学英国的严复，有缘见证了近代欧洲工业革命的盛况与科学事业的繁荣。1895 年 3 月，严复在《直报》上发表文章《原强》，把传统文化与西方科学对接，进行话语转换，“格致学”称力学，“质学”叫化学，“名学”改名逻辑学，并认为数、理、化、名诸学是以研究自然现象解释自然规律为目的的自然科学，但对社会人事无能为力，故还须研究天学、地学与人学，才能探究天地人事之理。“名数力炙( 质) 四者已治矣，然其心之用，犹审于寡而荧于纷，察于近而迷于远也，故非为 天 地 人 三 学，则 无 以 尽 事 理 之 悠 久 博 大 于 蕃 变也。”97－98而三者之中，人学尤为急切，是“群学入德之门”。人学分为生学与心学两类，生学即“论人类长养孳乳之大法”的生理学，而心学是“言斯民感应之密机”的心理学。人的体质与精神健康，才能形神相资与力德兼备。严复认识到自然科学与人文科学的功效与局限性，以及人类物力与德性的同等重要性，既提倡科学以“开民智”，又鼓吹“新民德”。

1897 年 8 月，《湘学新报》刊文，明确地将西方科学分为算法、几何学、热学、重学、电学、化学、天文学、地理学、声学、光学、汽学、水学、动物学、植物学、全体学( 生理学) 、医学、农学、测候学、矿物学等学科门类，而且指出各个学科之间关系密切，相互渗透。一方面学贵相通，科学研究切勿孤陋寡闻，需要广泛交流方可有所长进与明辨正误; 另一方面，学贵专深，方可致用。“皆一理之贯注，各有相关，徒知一学，无以得要旨。泛览各学，无以造精深。贵交通以明其理，专一以见诸用，循序渐进，乃有实获。”各学科门类在整个科学分类体系中所处的地位不同，以数学为“格致之阶梯”，以天文地理为“格致之大原”，而农、工、商则是“格致之功用”，“而其纲领旨趣，则不出热、电、重三学而已。其从入之途，要确有先后次第焉，未可躐等也。”故学习与研究科学要先后有别，循序渐进。江标曾谈及学问的分类，“分学凡六: 曰史，曰掌故，曰舆地，曰算，曰商，曰交涉”。《实学报》则将科学划分为天学、地学、人学与物学四大门类，其中天学研究“通法律历要义，以及中西算理，一切权衡度量之隶属”; 地学探究“山川形势，边防险要，以及万国图志、五洲矿产之隶属”; 人学研究“圣贤教术、朝野掌故、中外制度、约章因革异同，以及礼乐兵刑工商之隶属”; 而物学则研究“格致体用，动物形性，以及光化声汽重力之隶属”。

晚清期刊的宗旨上也能反映对科学分类的理性思考。《渝报》主张: 科学“无论中西，取其切于实用，如天文、地舆、兵法、医学、算学、矿学、格化、光声重汽电各种学”。《蜀学报》章程中标明“中外政学，分为官、士、农、工、商五门，取有关实用，可以考证得失，不分中外，随文多寡列入”。《译书公会报》也声明: “凡有关政治、学校、律例、天文、舆地、光化电气诸学、矿物、商务、农学、军制者，次第译成，以餍海内同志先睹为快之意。”

晚清自主创办的及时份科普期刊《格致新报》认为科学主要有两种分类法。一种是将科学划分为性理学、治术学、象数学、形性学与纪事学等五个门类。其中性理学即“探道之大原，辨理之真伪者也”，道即客观真理，既包括自然法则的天道，也包括世俗人伦的人道，相当于哲学与伦理学。治术学旨在“论公法律例，条约税则者也”，类似于法学、外交学与财政学。象数学在于“究恒星天文，测量制造者也”，即天文学、测绘学及制造学。而形性学又分为物性之学、物理之学、化学与医学四类，其中物性之学就是今天的物理学。而所谓的物理之学与化学须区别对待。物理之学中，研究金木水火土的物理之学属于物理学范畴，但研究飞禽走兽的物理之学属于动物学。化学中，研究原子分子、凝固溶解等物理现象的属于物理学，而研究物质化合分离的化学反应就属于化学。纪事学的内容则包罗甚广，涉及历史学、地理学、人口学、民俗学、教育学等多个学科层面。另一种是三分法，主张将科学分为“初启时之学问”的试验学、“大备时之学问”的性理学与“集成时之学问”的实物学三类，并主张算学包括分数学、代数学、形学( 几何学) 等，形性学即“推究万物变动之理”的物理学，化学则在于“推究各物独具之性”。此外，还指出有些学科边界模糊，“与其有别立门户，而与他学掺杂者”，类似交叉学科。

此外，维新报人还涉及一些专门学科的科学分类。有的将传统的格物学划分为物理学、化学、生理学三类。动物学分类上，将动物界划分为无脊类( 无脊椎动物) 与脊类( 脊椎动物) 两类。其中无脊类包括圈体类、柔体类、光芒类等;脊类又分为胎生族、鸟族、蛇族、寒血族、水陆并居族、鱼族等门类。并对化学与物理学加以区分，从事物理学研究的“格致家试验能变其原形，而不能易其原质”，而“化学家之试验则不然，变本质，成新质，几使之莫辨其本来”。研究路数上，“格物之家，就一质以格一质，质之外别无它质; 化学之家，合数质以成一质，质之外更有异质”。维新报人大多推崇数学，但也有人有不同的理性思考。董祖寿就认为崇算之风实为“西儒之唾遗，华人之讏言”，精科学者未必通数学，通数学者也未必能精科学。科学专在实验操作，稍通文理即可。尽管中国数学家辈出，却罕有能格物制器以利民生的，因此他转而主张中国“欲图自强，在兴格致; 欲兴格致，先兴化学”。

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